Se desconoce con exactitud la época de construcción de la sinagoga, puesto que tan sólo poseemos escasos datos documentales tomados de poemas e inscripciones ajenas al edificio, en base a los cuales algunos historiadores afirman que estamos ante la llamada Sinagoga Nueva de Yosef ben Susán, muerto en 1205. Otros apuntan a que sea la llamada sinagoga de Al Malikim, impulsada por David ben Salomón Abí Darham en 1271. Santa María Blanca, uno de los rincones más bellos de la ciudad de las tres culturas que esconde en su interior una de las bellezas toledanas más exquisitas del patrimonio múdejar español.
Considerado una muestra incomparable del arte mudéjar toledano, este conjunto arquitectónico de singular belleza invita a la contemplación y a la alabanza asombrada, tal como suscitó durante siglos al pueblo judío.
La mayoría de los estudiosos, en la actualidad se basan, por otro lado, en la arquitectura grandiosa del edificio y en los resultados de la arqueología afirman que estamos ante la Sinagoga Mayor de la judería toledana, construida a finales del siglo XII por Abraham ibn Alfache, consejero y embajador de Alfonso VIII, monarca de abierta simpatía hacia los judíos, y que fue reconstruida tras un incendio en 1250.
En el siglo XV, décadas antes de la Expulsión, dejó de utilizarse como Sinagoga para convertirse en iglesia con el nombre de Santa María la Blanca, por ser la imagen titular la Virgen Blanca, copia de la existente en el coro de la Catedral. En 1554 el cardenal Silíceo fundó en ella un beaterio bajo la advocación de Nuestra Señora de la Piedad o Refugio de la Penitencia, para acoger a mujeres arrepentidas. Covarrubias reformó la cabecera creando tres capillas que cubrió con bóvedas aveneradas; ahí se situó el retablo contratado con Nicolás de Vergara el Viejo y Bautista Vázquez. También, del siglo XVI pertenecen las 17 tumbas, tres de ellas infantiles, que han aparecido en las últimas excavaciones de 1989.
En 1791 fue destinada como cuartel militar de Infantería, lo que degradó considerablemente el conjunto; de ésta época pertenecen las catorce dependencias abovedadas que existen bajo el subsuelo de la sinagoga. En un posible estado de ruina en 1798. se destina como almacén de la Real Hacienda. Es a mediados del siglo XIX, momento en el que la Comisión Provincial de Monumentos Históricos se hizo cargo del edificio, cerrando el muro sur, y encargado al tallista Ceferino Díaz la reparación de los capiteles. Fue Declarado Monumento Nacional en 1930.
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